Shën Timotheu lindi në Listra, qytet romak i provincës së Likaonisë (Azi e Vogël). I ati ishte pagan, ndërsa nëna judease, e quajtur Efniki. Nëna dhe gjyshja e Timotheut, Loida, e rritën me përkushtim dhe dashuri për Shkrimet e Shenjta. Të dyja gratë ishin kthyer në Krishterim nga apostulli i madh Pavli gjatë qëndrimit të tij në Listra (45). Kur erdhi përsëri në këtë qytet, disa vite më vonë (rreth 50), ai e gjeti Timotheun e ri plot zell dhe admirim për betejat dhe vuajtjet që apostulli kishte duruar për Emrin e Krishtit. Me porosi të vëllezërve të Listrës dhe të Ikoniumit, Pavli e pagëzoi, vuri duart mbi të dhe e bëri shok në veprat e tij dhe dishepull të tij të preferuar. Ai e quan: “Biri im fort i dashur” (I dhe II Tim. 1) dhe dëshmitar të tij në kisha, duke thënë: “Se si bir me të atin, punoi bashkë me mua për ungjillin” (Fil. 2.22). Megjithëse porosia e Ligjit u shkatërrua me Hirin, apostulli e rrethpreu dishepullin e tij të ri, me qëllim që të predikonte te judenjtë në sinagogat e tyre, si dhe në sheshe te paganët. I butë, i vetëpërmbajtur, model i bindjes dhe i përulësisë, shën Timotheu tregoi zell të palodhur në predikim, si ushtar i mirë i Krishtit (II Tim. 2.3). Ai ishte përfaqësues i apostujve dhe instrument energjik i Hirit në qeverisjen e Kishave të Perëndisë, për ndreqjen e zakoneve dhe për ruajtjen e mësimit të mirë.
Nga Ikoniumi Timotheu shkoi me Pavlin në Frigji dhe Galati, e ndihmoi në çdo vend me predikim dhe lutje; pastaj, pas një vizioni qiellor, shkuan në Maqedoni, predikuan Ungjillin në Selanik dhe Veria, ku Timotheu qëndroi me shën Silën (Silvani), ndërsa Pavli u kthye në Athinë. Pas një kohe të shkurtër, Timotheu shkoi të takonte apostull Pavlin, për t’i dhënë lajmin e trishtueshëm të kundërshtimit të tërbuar të judenjve të Selanikut, dhe u kthye atje që të forconte dhe të ngushëllonte besimtarët (I Thes. 3.1-5). Kur e kreu këtë mision, nxitoi të arrinte Pavlin në Korinth, për të punuar me të për kthimin e qytetit.
Pastaj, si qëndroi me mësuesin e tij për një vit e gjysmë në Efes, në mitropolinë e Azisë, u dërgua sërish në Korinth, për t’iu kujtuar besimtarëve parimet e jetës ungjillore. Meqë korinthianët u rebeluan, me nxitjet e dishepullit të tij, shën Pavli vendosi për dërgimin e Titit, mori Timotheun me vete për një mision të ri në Maqedoni, hartoi duke bashkëpunuar me të letrën e tij të dytë drejtuar korinthianëve dhe erdhi vetë për të punuar për drejtimin dhe udhëzimin shpirtëror të besimtarëve.
Kur apostull Pavli ndërmori udhëtimin e tij të fundit drejt Jerusalemit, që të sillte frytet e ndihmave të grumbulluara në të gjitha kishat, për t’u ardhur në ndihmë të krishterëve të Qytetit të shenjtë (Vep. 20), shën Timotheu ishte shoqërues i tij. Ai ishte i pranishëm në arrestimin e Pavlit (Vep. 22 etj.), e ndoqi në Qesari dhe në Romë, kur u kap rob për herë të parë; por prej andej Pavli e dërgoi me mision pranë kishës së Filipisë (Fil. 219-24). E arriti në Lindje dhe, me t’u liruar, e vendosi përfundimisht në krye të kishës së Efesit, duke i rekomanduar të organizonin adhurimin dhe jetën e krishterë, të luftonin mësuesit e rremë, të zgjidhnin me dallueshmëri anëtarët e hierarkisë kishtare dhe të çonin në çdo kohë grigjën e Krishtit në paqe, mirëkuptim dhe të vërtetë (I Tim.). Në një letër të dytë, dërguar nga apostulli i burgosur në Romë dhe në prag të vdekjes, ai e fton dishepullin e tij besnik, t’i shkonte pranë në çastet e tij të fundit (II Tim. 4.8). Timotheu u arrestua, por u lirua shpejt (Hebr. 12.23). U kthye në dioqezën e tij pas vdekjes së apostullit.
Thuhet se në Efes takoi shën Joan Theologun, prej të cilit mori një tepri hiri dhe ndriçim shpirtëror dhe, kur apostulli i dashur u internua në Patmos, ai e qeverisi Kishën duke përmbledhur brenda vetes së tij frymën e shën Joanit dhe atë të shën Pavlit. Një ditë, kur paganët e qytetit përgatiteshin të kremtonin një nga festat e tyre të ndyra, të cilat përfundonin gjithmonë në orgji dhe vrasje, shën Timotheu tentoi të ndërhynte që të ktheheshin në shtëpi. Por ata ishin bërë si bisha të egra, ndaj u sulën mbi të dhe e rrahën. Dishepujt e apostullit mezi mundën t’ua rrëmbenin shenjtin nga duart dhe, gjysmë të vdekur, e hipën në një vend të lartë atje ngjitur, ku dhe fjeti në paqe.
Trupi i shën Timotheut u varros afër varrit të shën Joanit dhe shumë kohë më vonë, më 356, lipsani i tij u transferua solemnisht në Konstandinopojë nga shën Artemi (20 tetor), me ato të ungjillorëve Andrea dhe Lluka, për t’u vendosur në kishën e Apostujve të Shenjtë. Kreu atje shumë mrekulli, derisa kryqëzatat latine i vodhën gjatë plaçkitjes së qytetit, më 1204.