Память 11 декабря, в Соборах новомучеников и исповедников Российских и Тверских святых.
Родился 12 февраля 1892 года в селе Ветрине Ярославской губернии в семье священника.
В 1914 году окончил Ярославскую духовную семинарию, но по стопам отца идти не захотел и выбрал светский путь. Так как семинарию он окончил по 2-му разряду, то в земство его не взяли, и он был вынужден устроиться учителем в церковно-приходскую школу. Однако эта работа его не удовлетворила, и осенью 1916 года Иван Дмитриевич поступил на юридический факультет Ярославского Демидовского лицея, где проучился два курса — до 1918 года, когда власти преобразовали лицей в государственный университет, где продолжать образование он не захотел.
В 1918 году в Ярославле начался голод, и Иван Дмитриевич стал подыскивать место учителя в одном из маленьких городков и, наконец, в 1919 году уехал в Весьегонск, где поступил в советскую школу 2-й ступени преподавателем истории, географии, истории социализма и политической экономии. Несмотря на свое былое стремление к светскому пути, Иван Дмитриевич был человеком глубокой веры, которую не скрывал, и часто посещал храм. В обстановке начавшегося гонения его вера стала подвергаться насмешкам — сначала от коллег учителей, а затем и от учеников, и Иван Дмитриевич решил оставить работу и уехать.
В январе 1922 года он вернулся на родину, в село Ветрино, где служил его отец, и поселился в родительском доме. В апреле отец умер, приход остался без священника, и Иван Дмитриевич решил поступить на место почившего батюшки. В начале мая он обвенчался с Ниной Николаевной Семеновской, дочерью священника, служившего в одном из храмов города Мологи Ярославской епархии.
9 мая 1922 был рукоположен в сан священника ко храму родного села.
Оказывал крестьянам юридическую (адвокатскую) помощь.
От священника потребовали выполнить заведомо непосильное задание по лесозаготовкам, которое он выполнить не смог, за что был приговорен в марте 1930 г. к одному году исправительных работ. Прихожане, однако, были недовольны расправой над священником и пришли к зданию районного отделения НКВД, требуя его освобождения. Перепуганные власти вынуждены были его отпустить, всего лишь выслав за пределы области.
Отец Иоанн приехал к епископу Рыбинскому Серафиму (Протопопову) за советом и благословением, и тот сообщил ему, что в селе Раменье Сонковского района Московской области остался приход без священника, и посоветовал поехать к епископу Бежецкому Григорию (Козыреву), в чьем ведении был храм. Владыка Григорий благословил его занять место священника в Раменской церкви. Здесь, как и в родном селе, прихожане полюбили о. Иоанна.
В апреле 1931 года был арестован (по прежнему обвинению?) и отправлен отбывать заключение на лесоповал в Сонковский район. Верующие не оставляли его — привозили продукты и всячески поддерживали.
27 марта 1932 года был освобожден и вернулся в Раменье. Благоустроил храм, где исполнял обязанности не только священника, диакона и псаломщика, но был одновременно и звонарем, и сторожем, и уборщиком.
Храм в селе Раменье находился рядом со школой, и школьники во все большие церковные праздники заходили в него — одни потому, что у них родители были верующими, другие — из любопытства. Это не нравилось директору школы, и он стал искать пути закрыть храм.
10 августа 1934 года сотрудник НКВД Фейгенберг потребовал от прокурора разрешения на арест священника, и 15 августа о. Иоанн был арестован; в тот же день следователь НКВД допросил его.
На вопросы следователя о его отношении к мероприятиям советской власти о. Иоанн ответил:
«Ко всем мероприятиям советской власти я отношусь лояльно и недовольства никогда не выражал как про себя, так и в присутствии других. Все проводимые мероприятия одобряю, так как они направлены на улучшение жизни человечества, хотя бы взять к примеру колхозы — это, по моему мнению, единственный выход крестьянину из нужды. Я отлично понимаю, что все проводимые мероприятия советской власти и партии влекут постепенное отмирание религии... Каких-либо разговоров среди населения по вопросам политики партии и мероприятий советской власти я не веду, откровенно говоря, боюсь, так как скажешь слово, а после его извратят, и можно получить неприятность. С вопросами текущей политики я знаком, так как выписываю и читаю областные, районные и центральные газеты».
Следователи допрашивали священника каждый день посменно, день один следователь, день — другой. Обвинить его было не в чем, следователям не к чему было придраться, и они стали интересоваться — как же он, верующий человек, и преподавал социализм. Отец Иоанн отвечал:
«Будучи преподавателем в школе, я ученикам преподавал об утопическом социализме. … Я был преподавателем времен военного коммунизма. В это время было положение смутное, не было точных установок учения Карла Маркса о научном социализме, поэтому я и преподавал утопический социализм. Впоследствии от меня стали требовать преподавания о принципах трудовой школы, общественно-полезном труде и так далее. Я далек был от такого преподавания, не мог в своей голове переварить всего нового о школе. Я тогда в 1922 году ушел на службу священником, где я хотел найти для себя отраду в своей работе. Я знал, что, будучи священником, все время буду находиться среди учеников в деревне и среди крестьян. Причем после преподавания в школе я видел, что не могу быть полезным для настоящего общества и у меня к этому нет призвания…».
2 октября уполномоченный НКВД составил свое заключение: «В действиях, приписываемых обвиняемому Богоявленскому, нет состава преступления, а потому дело производством прекратить, арестованного Богоявленского Ивана Дмитриевича из-под стражи немедленно освободить». Отец Иоанн был освобожден из Бежецкой тюрьмы и вернулся служить в село Раменье.
В начале 1935 года благочинный прислал о. Иоанну распоряжение, чтобы он вел в своем храме запись родившихся, умерших и вступивших в брак.
Отец Иоанн вел эти записи до сентября 1935 года, когда вновь был арестован властями и обвинен в присвоении административных функций. Прихожане нашли адвоката для защиты священника. Состоявшийся вскоре суд приговорил о. Иоанна к денежному штрафу. После оглашения приговора священник был освобожден. Адвокат, прощаясь с о. Иоанном, предупредил его, что он все равно будет вскоре арестован, так как главная его вина перед властями состоит в том, что он священник, и он может избегнуть ареста лишь оставив служение в храме. Такой путь о. Иоанн категорически отверг и вернулся служить в церковь.
В декабре 1935 года благочинный снова прислал распоряжение, чтобы священник и в 1936 году вел подобные записи. Об этом распоряжении стало известно НКВД, и, намереваясь привлечь священника к ответственности, 8 марта 1936 года следователь вызвал о. Иоанна на допрос, но удовлетворившись ответами священника, отпустил его. Положение храма в 1936 году стало критическим, власти обложили его налогом, выплатить который было невозможно, тем более что они запретили молебны в домах, а в храм многие уже опасались открыто ходить. 5 февраля в доме священника собралась церковная двадцатка, чтобы решить, как избежать закрытия храма. Решили во что бы то ни стало выполнить требование властей и собрать далеко не малую сумму, а для этого произвести сбор средств по дворам с обращением к жителям, что если они не помогут, то советская власть закроет храм. Обход по дворам дал результаты: была собрана нужная сумма и уплачен налог. Все это не осталось незамеченным властями, тут же посыпались доносы в НКВД.
12 ноября 1937 года о. Иоанн был арестован. По обыкновению стали вызывать «дежурных свидетелей». Как обычно, был вызван председатель сельсовета; продолжали собираться доносы. Один из доносчиков писал о священнике, что «два года назад из колхоза, то есть на третий год пятилетки, одна женщина дала священнику Богоявленскому два мешка картошки из общеколхозной, подлежащей распределению по трудодням. Он знал, что картофель общий, а взял».
20 ноября состоялся первый допрос. Священник держался твердо и отказался возводить клевету на себя или других, и в тот же день следствие было закончено. 25 ноября Тройка НКВД приговорила священника к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь.
Отец Иоанн был сослан в Коми область в Северный железнодорожный исправительно-трудовой лагерь (Севжелдорлаг), в поселок Княж-Погост (ныне г. Емва).
Умер от голода 24 декабря 1941 года в возрасте 49 лет. Погребен в безвестной общей могиле.
Реабилитирован по Указу Президиума Верховного Совета СССР от 16 января 1989 года.
Причислен к лику новомучеников и исповедников Российских на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 для общецерковного почитания.