Священномученик Евгений родился 1 декабря 1891 года в селе Бетино Касимовского уезда Рязанской губернии в семье диакона Казанской церкви Иакова Николаевича Харькова его супруги Ольги Афанасьевны. Первоначальное духовное образование Евгений Яковлевич получил в Касимовском училище, а в 1912 году закончил полный курс Рязанской семинарии. По окончании семинарии он до 1914 года служил заштатным псаломщиком в родном селе Бетино. В клировых ведомостях церквей Касимове 1915 год нигде не прослеживается церковного служения Евгения Харькова. Видимо, с началом Первой мировой войны, в которой участвовала Россия, он считал своим священным долгом, несмотря на духовное происхождение и образование, встать в ряды защитников Отечества. Священного сана он еще тогда не имел и ему канонически не возбранялось взяться за оружие для защиты своей Православной державы. Об этом мы можем сделать вывод потому, что в 1919 году он закончил воинскую службу в чине штабс-капитана Белой армии адмирала Колчака. Трагические события тех лет привели Евгения Яковлевича к выводу, что в такой ситуации Россию может спасти только Милость Божия. И он решает вернуться к изначально выбранному им жизненному пути – начать пастырское служение и смиренной молитвой водворять мир в людских душах.
